मत्स्यपालन, पशुपालन और डेयरी मंत्रालय के तहत दो विभाग में मत्स्यपालन एक विभाग है। यह भूतपूर्व पशुपालन डेयरी एवं मात्स्यिकी विभाग के मात्स्यिकी प्रभाग को अलग करके 05.02.2019 के प्रभाव से, मंत्रिपरिषद सचिवालय की दिनांक 05.02.2019 की अधिसूचना सं. फा.स. 01/21/2018-कैब से अस्तित्व में आया।
विभाग का संपूर्ण प्रभार श्री परशोत्तम रुपाला, माननीय मंत्री, मत्स्यपालन, पशुपालन और डेयरी के पास है जिसमें दो राज्यमंत्री मत्स्यपालन, पशुपालन और डेयरी के लिए डॉ. संजीव कुमार बालियान तथा डॉ. एल मुर्गन सहायता प्रदान करते हैं। विभाग के प्रशासनिक प्रमुख सचिव मत्स्यपालन हैं। सचिव मत्स्यपालन की सहायता के लिए दो संयुक्त सचिव हैं।